근로감독관이 어떤 문제점이 있어서 식대문제를 언급했는지 구체적인 사정을 알 수가 없어서 정확한 답변을 드리고 어렵고 상황에 대한 유추를 통해서 답변드리겠습니다.

현재 임금체계 내에서는 "식비"가 통상임금에 포함되어야 하는데 "식비"를 통상임금 산정에서 제외해서 계산하고 있었던 것으로 생각합니다.
따라서 근로감독관은 식대는 복리비이지만 임금이고 통상임금에 해당되니 통상임금에을 계산할때 산입해서 계산하라고 한것 같습니다. 예를들어 시간외수당이나 연차수당은 통상임금을 기준으로 산정을 해야하는데 이를 기초로 한는 산입범위에서 식대를 제외하고 계산하지 않았을까 싶습니다.

근로감독관의 지시대로 한다면 사업주의 임금부담이 커지므로 사업주는 실비변상적 성격의 순수한 식대로 처리해서 통상임금의 산입범위에서 제외해서 부담을 낮추려는 것으로 보입니다. .
참고로 세금처리와 관계없습니다.

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